Pada bulan-bulan sebelumnya, Presiden Habibie telah membuat pelbagai kenyataan umum di mana beliau mengatakan bahawa kos mempertahankan subsidi matawang untuk menyokong wilayah tidak diimbangi oleh manfaat terukur bagi Indonesia. Berikutan analisis untung-rugi yang tidak menguntungkan, keputusan yang paling rasional ialah untuk wilayah yang bukan sebahagian dari sempadan asal sejak kemerdekaan 1945 di Indonesia, untuk diberikan pilihan demokratik adakah mereka ingin tetap berada di Indonesia atau tidak. Pilihan ini juga seiring dengan program demokratisasi umum Habibie setelah era Presiden Soeharto.[2]

Sebagai langkah tindak lanjut atas permintaan Habibie, PBB mengadakan mesyuarat antara pemerintah Indonesia dan pemerintah Portugis (sebagai kewibawaan penjajahan terdahulu ke atas Timor Timur).[3] Pada 5 Mei 1999, perbicaraan ini membawa kepada “Persetujuan antara Republik Indonesia dan Republik Portugis tentang Masalah Timor Timur” yang memerihalkan butiran dari referendum yang diminta. Referendum harus diadakan untuk menentukan adakah Timor Timur akan tetap menjadi sebahagian dari Indonesia, sebagai Daerah Autonomi Khas, atau terpisah dari Indonesia.[4] Referendum itu dianjurkan dan dipantau oleh UNAMET dan 450.000 orang berdaftar untuk memilih termasuk 13.000 orang di luar Timor Timur.